מצאתי אצלי שני גופנים שמבדיקה זריזה תומכים גם בעברית כראוי וגם מציגים את ההבדלים ביון הסימנים הבעייתיים:
LiberationMono
FreeMono
שניהם זמינים כחבילות בפדורה - liberation-mono-fonts ו-gnu-free-mono-fonts בהתאמה, לא יודע לגבי הפצות אחרות אבל בכל מקרה שניהם חופשיים וניתנים להתקנה ללא בעיה.
א. LiberationMono - מותקן - ויפה - אך העברית שלו איננה קצובה
ב. FreeMono - מותקן - נראה די בסדר - דומה ל- Miriam CLM - העברית שלו קצובה
ג. Cousine - יש להתקין - יפה - העברית שלו קצובה.
לפיכך הפתרון שלי:
עבור Emacs:
הגופן העיקרי הוא DejaVu Sans Mono
הגופן עבור תווים עבריים: Miriam Mono CLM:bold
שים לב שהתחום העברי מתחיל כבר ב־0x591. עד 0x5af זה טעמי מקרא, שרובם פחות קריטיים (ופחות נתמכים בגופנים), אבל מ־0x5b0 זה כבר ניקוד ועוד סימנים חשובים (כמו מקף־כתף, 0x5be) שכדאי שיגיעו מאותו גופן כמו האותיות, אחרת צפויים באגים מוזרים ביותר בתצוגה.